W odróżnieniu od europejskiego, główne gałęzie modrzewia japońskiego zwieszają się.

Modrzew japoński to średnio wysokie (20-40m; w Polsce najwyżej 25m) drzewo iglaste zrzucające szpilki na zimę. Gatunek ten występuje naturalnie na niewielkim obszarze w górach wulkanicznych w Japonii, jednak ze względu na swoje walory dekoracyjne, którymi są przede wszystkim niezwykle efektownie przebarwiające się jesienią igły, jest obecnie sadzony w wielu rejonach całego świata, w tym często w Polsce. Modrzew japoński jest bardzo podobny do swojego europejskiego krewniaka - modrzewia europejskiego, od którego różni się jedynie kilkoma szczegółami. Jedną z takich różnic jest nieco niższy, ale za to szerszy pokrój z niewiele bądź w ogóle nie zwieszającymi się gałęziami głównymi. Najłatwiej jednak rozróżnić oba gatunki po szyszkach. U modrzewia japońskiego są one nieco krótsze, ale za to szersze (często prawie kuliste), a końce ich łusek nasiennych są charakterystycznie odwinięte na zewnątrz, przez co przypominają płatki róży. Modrzew japoński wytwarza też większą ilość szyszek - jego gałęzie są nimi zwykle bardzo gęsto obsypane. Młode pędy modrzewia japońskiego są pomarańczowoczerwone do brązowopurpurowych, zimą pokryte dodatkowo warstewką wosku, podczas gdy modrzew europejski posiada jaśniejsze, jednolicie słomianożółte i nie owoszczone młode pędy. Krótsze i szersze (często niemal półkuliste) oraz złożone z mniejszej ilości łusek żeńskie szyszeczki modrzewia japońskiego są zazwyczaj żółtawe, rzadziej (jasno)różowe do różowoczerwonych. Kolejną różnicą jest kolor szpilek, które u modrzewia japońskiego są niebieskawozielone (od woskowatego nalotu), a pod spodem posiadają dwa wyraźne białe paski; modrzew europejski posiada trawiastozielone igły z bardzo delikatnie zaznaczonymi paskami. Modrzew japoński jest najczęściej spotykanym w Polsce obcym gatunkiem modrzewia. W pewnym sensie nadaje się on do uprawy nawet bardziej niż rodzimy modrzew europejski, ponieważ cechuje się jeszcze szybszym wzrostem i większą odpornością na zanieczyszczenia powietrza. █ Masowo wprowadzany do uprawy m. japoński zaczął się krzyżować z rodzimym m. europejskim tworząc mieszańca o nazwie modrzew eurojapoński (L. marschlinsii syn. L. eurolepis; więcej informacji - patrz opis rodzaju).